故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……
与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！
此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
每四年一届的体育界最大盛事——世界体育大会（世体会，WSG）即将在日本东京举行，届时时速达到惊人的1000公里的真空超导磁悬浮列车也将与世人见面。在世体会赞助商壮行会上，主办方宣布除了赞助方和嘉宾外，还将通过抽签的方式选出该列车首批荣幸之至的乘客。得到消息后，少年侦探团的各位跃跃欲试，殊不知意想不到的是突然发生。在壮行会上，许多高层领导接连遭到绑架。
危急关头，柯南与赤井秀一先后投入了与幕后真凶争分夺秒的抗争之中……
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
令全世界为之疯狂的歌姬·乌塔，她的身世成谜，歌声却被誉为“来自别的次元”。而这次，她将举办演唱会并第一次露出庐山真面目。为了欣赏她的歌声，路飞率领的草帽一伙，以及世界各地的歌迷都汇聚在会场之中。全世界备受瞩目的歌声即将在此回荡。而故事就在乌塔是“杰克斯的女儿”这一令人震惊的发现中拉开帷幕！
「頼んだぜ、アンちゃん。」
帝の崩御から始まったヤマトの動乱。ヤマトの皇女・アンジュの毒殺未遂の嫌疑から追われる身となった右近衛大将・オシュトル。彼は戦いの末、仮面＜アクルカ＞の力を使い果たし、肉体と魂は世界の一部と化した。その別れ際、友であるハクにアンジュとネコネの未来を託す。
オシュトルから仮面と意思を託されたハクは、ハクとしての人生を捨て、唯一事実を知るネコネを除いた皆に正体を偽り、仮面とともにオシュトルとして生きることを選んだ。
そしてエンナカムイに逃れ、回復の兆しを見せたアンジュは、父である帝が残した皇女の地位を取り戻したいと立ち上がる。一方、ヤマトでは混乱に乗じて、八柱将であるライコウが偽の皇女を擁立し、国を掌握しようとしていた。やがてヤマト軍の侵攻は、本物の皇女を排除すべくエンナカムイへも及び……。ヤマト全土を巻き込む戦乱が、幕を開ける。
「うたわれるもの」シリーズ最終章。
全ての謎が、今解き明かされる。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。
这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。
没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。
不思议的风吹翻了书的页数，不应绽放的古木樱花开花的那一天，通往异世界的门打开了。寻找著与自己失散了的朋友的苍真，进入了一个居住着兽人和有怪兽在四处徘徊的奇幻世界。
在这个世界，苍真得到可以知道对方思想的“心剑”，成为了一个“心剑士”而且得到力量。不过，这个传说中的心剑士身处的世界，有三个不同的国家，而兽人就是其中一个。不知不觉中，苍真也跌入了这场充满阴谋旋涡的国家领土的纠纷和战乱中。必须紧紧握着手中的“心剑”，在战场中奋战。
但是，苍真在战场与敌国的心剑士相遇了，那是熟悉的身影，正是找寻已久的挚友。握著能知道对方心思的剑的少年们，描写出一个触动人心的物语。
就职于童守町小学的鵺野鸣介（置鲇龙太郎音）虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。
童守町历来就流传着许多灵异传闻，起初不被学生信任的鸣介在一次次除灵工作之后和学生们建立起深厚的感情。在这一过程中，他也结识许多来自不同世界的伙伴：温柔可爱的雪女（白鸟由里音）、冷酷无情的妖狐玉藻（森川智之音）等，都给鸣介和学生们的生活中留下无限惊险和刺激……
本片根据同名漫画改编。